A nossa Congregação teve início na pequena cidade de Schweich, na Alemanha, no ano de 1867. Nasceu como resposta ao forte apelo de Deus para o serviço generoso aos irmãos e irmãs mais sofridos. Foi fundada por Madre Alphonsa Kuborn que, desde jovem, já demonstrava grande amor e compaixão pelos que sofrem.
Movida pelo grande amor e ideal de seguir Jesus Cristo, segundo o estilo de vida de São Francisco de Assis, iniciou a Congregação sendo presença de misericórdia junto aos pobres, doentes e órfãos, e junto às vítimas da fome e das guerras. Mulher forte, corajosa e cheia de confiança em Deus, Madre Alphonsa enfrentou grandes dificuldades, mas perseverou. Foi serva de Misericórdia, socorrendo a todos, na alegria do seguimento de Jesus.
Em 1926, um grande impulso missionário e um sentimento de evangélica compaixão trouxe as primeiras Irmãs Franciscanas de São José para o Brasil. A missão assumida foi o cuidado dos hansenianos no Hospital São Roque – Piraquara/PR, onde atuam até hoje.Em 1973, ouvindo o apelo do Papa Paulo VI que dizia: O Cristo aponta para Amazônia, assumimos nova frente missionária no Norte do Brasil. Em 1992, atravessamos mais uma vez o Oceano Atlântico, e fomos anunciar o Deus da Misericórdia ao povo angolano. E em 2004, chegamos a um país da América Central, Honduras.
Em 2011, com a decisão do Capítulo Geral realizado em 2007, aconteceu o processo de transferência da Sede Geral para o Brasil. Foram muitos anos de estudos e encaminhamentos. Então, em 13/11/2011 foi a inauguração oficial da nova Sede Geral, na Av. Vicente Machado, 2731 em Curitiba, Paraná Brasil. Irmã Maria de Fátima Schwamberger, então, Superiora Geral esteve a frente de incansável acontecimento.